Początki działalności Zakonu Świętego Jana na ziemiach polskich sięgają XII w., kiedy to książę sandomierski Henryk nadał Zakonowi Zagość k. Wiślicy. Kawalerowie obsługiwali wówczas szpitale i hospicja dla ubogich na terenie Śląska.W Rzeczpospolitej istniały dwie komandorie: od 1187 r. w Poznaniu i od 1610 r. w Stwołowiczach na Litwie. Pozostałością po komandorii poznańskiej, działającej do XIX w., jest istniejący do dziś kościół św. Jana Jerozolimskiego za Murami, przy którym kontynuowana jest maltańska działalność szpitalnicza. Podczas zaborów Polacy działali w strukturach przeoratów odpowiednich państw zaborczych. Odrodzenie nastąpiło w okresie międzywojennym.